煙突は基本的にストーブからまっすぐ上に出した方が良く燃えます。それは単純にドラフトを遮る物が無いからです。
しかし家の間取りや後付けの場合、壁から出す事が多いと思います。確かにまっすぐ上に出した方が良いのですが、煙突の重量がじかにストーブに負荷をかけ、屋根を抜くため、防水工事を専門業者に依頼することになります。壁出しはそれほど防水を厳重にすることもなく大掛かりな施工の必要がありません。
煙突掃除も比較的楽なのですが、横の部分に煤が溜まりやすく真っすぐ伸ばした場合より掃除の回数は増えます。
横引きが長ければ長いほど燃えが悪くなり煤も溜まりやすく詰まりやすくなる訳です。
煙突の先ですが、屋根より３００～４００ミリは出した方が風の影響を受けにくく屋根に熱がかからないです。
煙突から出る排気は非常に高温です。軒の下に出したり煙突が低かったりすると風で流れた高温の気体が屋根にかかり火災の原因になるので充分注意が必要です。
どちらが良いとか悪いとかは有りません。施工されるお客様の事情に合わせていただくしかないので煙突については十分検討したうえで施工して下さい。